物理科技生物学-PHYICA

连接健康数据的点

医学研究 2022-06-01 21:52:14

Credit: CC0公共域 精准医疗需要大数据

为了改善癌症患者的治疗,或了解罕见疾病,科学家和临床医生以及人工智能技术需要获得更大的健康研究数据集,涵盖不同的人群和广泛的条件

对于AI来说,更多的数据意味着对疾病更好的理解,这将导致更准确的诊断和治疗

与此同时,每家医院只能看到相对较少的患病个人,即使在全省范围内,我们也只能获得全球可用总数据的一小部分

为了建立推进精准医疗所需的大规模数据集,在全国和全世界共享数据至关重要

加拿大分布式基因组基础设施(CanDIG)是加拿大在全国范围内实现数据共享(并将我们的数据与世界各地的数据集连接起来)的解决方案,该基础设施最近出现在《细胞基因组学》的一期数据共享特刊上

CanDIG由多伦多大学健康网络和蒙特利尔麦吉尔大学及BC基因组科学中心领导,是计算机科学家、人工智能专家、临床医生和遗传学家的合作,共同致力于解决加拿大人面临的健康挑战所需的研究

CanDIG是全球基因组学和健康联盟(GA4GH)的一个驱动项目,这是一项为基因组学和健康数据制定标准的国际努力,旨在提高全球基因组学领域的互操作性

该组织因其在全球基因组学和健康数据共享方面的工作而成为本月《细胞基因组学》特刊的焦点

加拿大一直是GA4GH的领导者,主持其总部,领导多个项目工作流,并实施许多GA4GH标准

作为驱动程序项目之一,CanDIG不仅实现了GA4GH标准,还帮助通知和构建了许多标准

CanDIG已经在帮助全国范围内的科学家获取大规模基因组学数据,这些数据以前是分散在各个省份或医院的,现在正开始通过欧盟/非洲/加拿大CINECA项目等合作,将加拿大的基因组数据集与世界各地的基因组数据集连接起来

CanDIG平台的开发是为了解决加拿大基于省的医疗保健和隐私立法,建立一个数据集联盟,简化跨省共享的挑战

CanDIG也是即将推出的数字健康和发现平台(DHDP)的关键组成部分,这是一项由加拿大政府部分资助的2亿美元的项目,将支持来自特里·福克斯马拉松希望癌症中心网络的基因组数据共享

向研究人员提供这些数据是释放其发现潜力和实现更好的癌症治疗的关键,因为最聪明的研究人员和最强大的机器学习技术无法对他们无法找到、访问或使用的数据做任何事情

“在像UHN这样的机构,我们正在构建越来越复杂的数据资源,其中包含来自许多不同来源的健康数据

下一步是帮助研究人员将这些数据转化为新的知识,方法是以统一、精选、安全的方式使其可查找、可用和可用,并允许其与其他医院的类似数据集相结合

加拿大地理信息系统是使加拿大各地的研究人员能够访问该国任何地方收集和生成的丰富数据的重要一步

迈克尔·布鲁德诺,加拿大首席研究员,UHN首席数据科学家,多伦多大学计算机科学教授

“通过参与GA4GH社区和像欧盟/非洲/加拿大CINECA项目这样的国际项目,CanDIG开始将加拿大的基因组学工作与世界各地的工作联系起来

随着健康数据类型越来越丰富,数量越来越多,我们需要确保我们的数据集是可查找和有用的;加拿大在这方面处于世界领先地位

Guillaume Bourque,CanDIG联合领导,麦吉尔大学分子遗传学教授,加拿大计算基因组学中心(C3G)主任

“获得全基因组数据对于理解癌症中产生的突变谱至关重要

坎迪格和特里·福克斯数字健康和发现平台将帮助尽可能多的获批研究人员研究希望马拉松癌症中心网络收集的数据

史蒂夫·琼斯,坎迪格联合领导,生物信息学负责人,不列颠哥伦比亚省迈克尔·史密斯基因组科学中心联合主任

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