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1:2020年3月至7月391个孟加拉国新型冠状病毒基因组的系统发育分析
在68，870个可公开获得的崩溃分支中的GISAID全球序列的背景下，对从孟加拉国(黑色)采样的391个病毒进行最大似然系统发育分析
塌陷的分支由它们取样的主要地区/国家(蓝色，欧洲；红色，美国；绿色，印度；粉色，中东)
2020年2月18日至2020年3月18日期间来自这些地区的国际抵达频率以条形图显示，并以相同的颜色显示
使用BEAST生成的最大似然贝叶斯时标系统发育分析
一个
10
4);对分支、内部节点和迁移事件进行注释
信用:DOI: 10
1038/s 14564-021-00955-3 根据孟加拉国领导的一项国际研究，一名来自巴斯大学的研究人员参与了这项研究，根据政府宣布的全国封锁，在你自己的国家旅行与新冠肺炎感染人数的急剧上升直接相关
这项研究首次将基因组测序和手机数据结合起来，发现了从孟加拉国首都达卡(一个高感染地区)的大规模移民与冠状病毒在2020年3月该国第一波感染期间宣布居家令后向该国其他地区传播之间的直接联系
希望这个项目的见解能被其他国家用来追踪病毒，并告知政府在新的疫情发生时如何应对
在孟加拉国的研究中，包括博士在内的科学家联盟
巴斯大学生物与生物化学系的劳伦·考利通过分析从该国不同地区收集的391份病毒样本的基因组序列，研究了孟加拉国第一波疫情期间冠状病毒的空间传播
这些信息与从脸书和三家移动电话运营商收集的匿名人口流动数据相结合
这一分析让研究人员深入了解了病毒的进化，并让他们能够追踪病毒新谱系出现的不同时间和地点
它还使作者能够直接与政府合作，在孟加拉国检测关注的变异体(α和β)
研究人员证实，大部分病毒从首都传播到该国所有其他地区是在政府宣布居家令和该命令生效(2020年3月23日至26日)之间的三天时间内发生的
人口流动数据显示，由于工作场所关闭，达卡的大部分常住居民离开城市前往地区城镇和村庄
由于研究人员的发现，孟加拉国政府在随后的几波感染期间限制了城际旅行，从而使病毒更难通过与第一波相同的渠道传播
像孟加拉国一样，在大流行的早期，英国允许在宣布更严格的COVID限制和实施新规则之间留出时间
2020年12月19日，为应对新Alpha变体的本地化传播，英国首相宣布伦敦和英格兰东南部将进入第4级“呆在家里”警戒级别，然而，直到12月21日，限制措施才开始生效
由于这种时间滞后，许多伦敦人带着病毒离开首都前往全国其他地方
评论，博士
考利说:“我们可以将从孟加拉国研究中吸取的经验教训应用到其他国家的COVID情况中
我们学到的是，最好尽可能缩短宣布和实施封锁干预之间的时间
2020年12月，伦敦也发生了类似的大规模疏散，与我们2020年3月下旬在达卡观察到的情况类似
应该尽可能防止这种情况，以限制病毒在主要首都或其他感染热点之外的全国范围内传播
" IEDCR(孟加拉国国家政府公共卫生部门)主任、孟加拉国论文的资深作者Tahmina Shirin教授说:“重要的是，我们要继续收集证据，帮助我们的决策者成功遏制病毒的传播
“我们的联盟提供了许多宝贵的见解，帮助决策者设计重要的实时决策
这些措施包括对来自关注变种占主导地位的国家的旅客进行强制隔离和隔离，实施封锁措施并限制城际人员流动，禁止所有从高风险国家飞往孟加拉国的国际航班
" 博士；医生
考利是这项研究的第一批作者之一，他通过放大冠状病毒的纳米孔测序(一种能够分析脱氧核糖核酸片段的技术)来培训孟加拉科学家，从而为该项目做出了贡献
在第一波新型冠状病毒病毒感染后，她还对孟加拉国各地发现的序列分析做出了巨大贡献
她说:“在第一波测序的样本中，我们发现85%属于三个显性谱系
当在已实施的干预措施的时间表背景下检查我们的排序和流动性数据时，我们发现在3月23日宣布全国封锁和3月26日封锁生效之间，有大量人口从达卡迁移到全国各地，导致这三个谱系分散在孟加拉国各地
" 孟加拉国于2020年3月8日记录了第一例新冠肺炎确诊病例
然而，在达卡以外的地区，检测进展缓慢，这使得很难追踪第一波病毒的传播
在截至4月11日的一周内，孟加拉国的新增病例增长了1155%，是当时亚洲的最高增幅
迄今为止，孟加拉国记录了近1
500万例冠状病毒病例和将近25000例死亡
参与研究的科学家团队将继续在孟加拉国提供测序和分析
研究人员一直在与领导公共卫生反应的孟加拉国政府成员密切合作，以确保政策决定以科学和国内最新的基因组证据为指导
作为对第一波研究结果的回应，这导致了孟加拉国对城际旅行的限制
由于他们的基因组监测工作，科学家们还能够揭示在孟加拉国第二波感染期间β变异体的优势
这项工作的另一个积极成果是，该国发展了应对未来疫情和流行病的能力
博士；医生
考利说:“几组孟加拉国科学家为此做出了贡献，并合作建立了孟加拉国新型冠状病毒银行序列，这对公共卫生官员追踪那里的疫情极其重要
他们在这次大流行期间建立的基因组监测能力，将在未来许多年成为国家公共卫生的巨大资产
这是孟加拉国可以引以为豪的事情，其他希望使用相对较低资源实施基因组监测的国家可以借鉴
" 谈到新型冠状病毒变异体的出现及其相关风险，国际疾病控制与预防中心(位于孟加拉国的国际健康研究所)的高级科学家和论文的高级作者dr
Firdausi Qadri说:“随着更多的突变在新型冠状病毒的遗传密码中积累，将会有更多的变异，其中一些可能有力量突破自然或疫苗诱导的免疫
这已经很明显了——孟加拉国已经经历了Beta变体的第二波，目前正在与Delta变体的第三波进行斗争
实时基因组监测对于了解这些疫苗的功效和为孟加拉国及其他国家制定相关战略至关重要
" 哈佛大学T
H
陈氏公共卫生学院表示:“这些新的数据流是对传统监控系统的宝贵补充，这项研究显示了如何在新出现的危机中使用它们来提供难以通过其他方式获得的见解
它还强调了像这样的跨学科方法在这场大流行期间和未来改变公共卫生的潜力
" 这项研究是由韦尔科姆·桑格研究所、巴斯大学和设在孟加拉国的研究所组成的联盟的结果，这些研究所包括流行病学、疾病控制和研究研究所、国际腹泻病研究中心、国际腹泻病研究中心和发展科学和健康倡议研究所以及其他地方和国际机构
这篇论文发表在本周的《自然微生物学》上
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