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啊凡龙超级计算的病毒式教训

医学研究 2022-03-29 21:52:01

Credit: CC0公共域 迅速、有效的行动对于果断面对任何危机都至关重要

而且,如果是像新冠肺炎大流行这样的全球性问题,这些行动需要有效地协调,以增加其影响,同时减轻最初的威胁

这正是Track新冠肺炎快速通道呼叫计划要实现的目标,通过分配数千年的计算机模拟(免费)来帮助对抗新冠肺炎

现在,科学界正在从该倡议中吸取教训

通过新冠肺炎快速通道呼叫开展的研究为科学界带来了一些有趣的经验

教授

ICIQ小组组长、PRACE科学指导委员会成员努里娅·洛佩斯是刚刚发表在《国家科学院院刊》(PNAS)上的论文《欧洲紧急计算的经验教训:应对新冠肺炎大流行》的第一作者

2020年初,当新冠肺炎大流行袭击欧洲时,PRACE实施了一项长期规划的危机局势快速通道计划:新冠肺炎快速通道呼吁

“呼吁”背后的理念是,模拟通常是价值链的第一步,也是必不可少的一步,例如,价值链的最后阶段会导致新药的批准

因此,免费高性能计算(HPC)资源的分配——以及通过开放科学原则确保整个社区都能获得结果——将加速产生可靠的科学知识

这反过来会促进和集中特定领域的研究,创造科学活动的热点

“我们看到了进行紧急计算的需求和机会,现在我们已经准备好应对这些挑战的工具

这段经历教会了我们很多,当新的危机出现时,我们将能够再次做到这一点

开放科学在需要的时候尤其重要,”教授解释道

洛佩斯

在四个月的时间里,新冠肺炎快车道呼吁收到了80份提案,显示了科学界在需要时提供帮助的决心

即将提出的项目提案分为五大类:生物分子研究、化合物筛选、流体动力学、病毒通过飞沫传播和流行病学

此外,12个项目还使用人工智能技术来模拟感染的传播或进行生物结构研究

最终,全欧洲的研究人员能够利用超过5亿个核心小时的计算机模拟,通过“召唤”抗击新冠肺炎大流行——时间总计超过57 000年

经过一年多的时间来建立紧急计算机访问,负责评估提案和分配高性能计算资源的PRACE委员会已经总结了从该呼吁中得出的重要经验教训,这些经验教训将有助于为危机情况下的下一个快速通道计划提供蓝图

主要的经验教训是:确保产生的数据和相关元数据的可用性和开放性;鼓励跨学科提议,解决大流行病或其他紧急情况的综合、高度交织和连锁效应;修改技术要求,以支持科学领域的提案,这些提案在技术上不太适合在高性能计算上运行,但对抗击大流行或其他危机非常有用;实施严格的科学同行评估,以避免无法在短期内产生实际结果的提案

“社区在新冠肺炎快速通道电话会议上做了很多工作——每个参与者都非常慷慨地付出了时间

这是一次非常积极的经历

然而,我们需要更多的人在技术领域学习和工作,因为这将使我们能够拥有最好的算法,并在下一次危机出现时有效地使用它们。”

洛佩斯

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