公共科学图书馆 我们提出的nCoV分支进化史示意图和导致SARS-CoV-2出现的假定事件
信用:MacLean OA等
(2021)，蝙蝠中SARS-CoV-2进化的自然选择创造了一种多面手病毒和高能力的人类病原体
PLoS Biol 19(3): e3001115
抄送人 为了适应新的人类宿主，SARS-CoV-2需要改变多少？在《公共科学图书馆生物学》(PLOS Biology)公开期刊上发表的一篇研究文章中，格拉斯哥大学的斯皮罗斯·利特拉(Spyros Lytras)及其同事指出，自2019年12月以来，在SARS-CoV-2大流行的前11个月，在数十万个测序的病毒基因组中，几乎没有观察到“重要”的遗传变化
这项研究是英国、美国和比利时研究人员的合作
主要作者大卫·罗伯逊教授(位于苏格兰格拉斯哥大学病毒研究中心)和谢尔盖·庞德教授(位于费城天普大学基因组学和进化医学研究所)将他们分析艾滋病毒和其他病毒数据的经验应用于SARS-CoV-2
旁氏最先进的分析框架HyPhy有助于梳理病毒基因组中嵌入的进化特征，并基于数十年来关于分子进化过程的理论知识
第一作者博士
奥斯卡·麦克莱恩解释道:“这并不意味着没有发生变化，没有进化意义的突变会在数百万次传播事件中积累和‘冲浪’，就像所有病毒一样
“有些变化会有影响；例如，被发现能增强传染性的Spike替代D614G，以及散布在其基因组上的病毒生物学的某些其他改进
然而，总的来说，“中性”进化过程占据了主导地位
麦克莱恩补充说，“这种停滞可归因于人类群体对这种新病原体的高度敏感性，来自群体免疫的压力有限，缺乏遏制力，导致指数增长，使几乎每种病毒都成为赢家
" 庞德评论道:“令人惊讶的是，非典病毒从一开始就如此容易传播
通常，跳到一个新的宿主物种的病毒需要一些时间来获得适应能力，以便像SARS-CoV-2一样能够传播，并且大多数病毒永远不会超过那个阶段，导致死胡同溢出或局部爆发
" 通过研究SARS-CoV-2和相关的SARS-CoV病毒(SARS-CoV-2属于蝙蝠和穿山甲的病毒群)的突变过程，作者发现了相当显著的变化的证据，但都是在人类出现SARS-CoV-2之前
这意味着许多冠状病毒的“通才”性质和它们在宿主之间跳跃的明显能力，赋予了SARS-CoV-2现成的感染人类和其他哺乳动物的能力，但这些特性最有可能是在扩散到人类之前在蝙蝠体内进化而来的
联合第一作者和博士
D
学生斯皮罗斯·利特拉补充道:“有趣的是，其中一种更接近蝙蝠的病毒RmYN02，有一个有趣的基因组结构，由SARS-CoV-2样和蝙蝠病毒样片段组成
它的遗传物质携带两种不同的组成特征(与宿主抗病毒免疫的作用相关)，支持这种进化速度的变化发生在蝙蝠身上，而不需要中间动物物种
" 罗伯逊评论道，“SARS-CoV-2在2020年底进化速度加快的情况下‘换挡’的原因，与更严重的突变谱系有关，是因为人类群体的免疫状况发生了变化
“2020年底，病毒越来越多地接触到现有的宿主免疫，因为以前感染的人数现在很高
这将选择能够避开某些主机响应的变体
再加上在长期感染中逃避免疫的慢性病例(例如
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在免疫缺陷患者中)，这些新的选择性压力增加了重要病毒突变体的数量
重要的是要认识到SARS-CoV-2仍然是一种急性病毒，在绝大多数感染中由免疫反应清除
然而，它现在正在更快地远离2020年1月用于所有当前疫苗的变体，以提高保护性免疫
目前的疫苗将继续对抗大多数循环变异体，但随着时间的推移，接种和未接种人数的差异越大，疫苗逃逸的机会就越大
罗伯逊补充道，“第一场竞赛是研发疫苗
现在的竞争是尽快让全球人口接种疫苗
"
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