作者:艾莉森·福
能源部/联合基因组研究所武村 学分:能源部/联合基因组研究所 对藻类的基因组感兴趣？你现在有一个地方可以浏览这些光合生物的遗传蓝图
藻细胞模型是同类数据库中最大的一个，它有一个交互式浏览器，允许藻类科学家和爱好者深入研究100多个藻类基因组，对它们进行比较，并可视化支持实验数据
藻类是重要的生物
它们在全球碳循环中发挥着关键作用，是天然产品的来源，并具有作为生物燃料原料的潜力
理解这些特征的遗传基础使我们更接近于利用藻类获取生物能源和更大的生物经济
通过将公众可获得的藻类基因组数据集中到一个地方，藻细胞模型允许用户轻松编辑数据，回答哪些生物中存在哪些基因，它们何时表达，以及它们做什么
“海藻”这个名字源于希腊语phykos，意思是海藻
海藻是藻类，但有许多种类的藻类存在
在进化过程中，藻类生物出现在几乎所有真核生物的分支中(有核生物)
部分是因为这种进化的多样性，藻类基因组非常复杂，很难测序和理解
由藻类基因组计划领导的一组研究人员带领美国大学的伊戈尔·格里戈列夫和数据科学家柯有伦
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能源部联合基因组研究所(JGI)，位于劳伦斯伯克利国家实验室(伯克利实验室)的能源部科学用户办公室，在《核酸研究杂志》上公布了藻细胞学说
基因组门户加强了JGI探索藻类生物学、多样性和生态学的新战略重点
藻群落有许多组成部分，这使得它对科学研究很有用:它显示了100多个有序藻类基因组的完整系统进化树，这些基因组都是由JGI测序的，因此研究人员可以很容易地探索不同藻类之间的进化和功能关系
科学家可以使用藻细胞的基因组浏览器来查看他们最喜欢的藻类的预测基因及其组织，并分析细胞核和细胞器(如叶绿体)中的基因
在数据可用的情况下，用户也可以从已发表的实验中分析基因表达；研究脱氧核糖核酸甲基化，这为生物体如何调节基因表达提供了线索；并研究相应的蛋白质
藻细胞与美国能源部系统生物学知识库的内置连接也允许研究人员研究代谢物如何在藻类中流动和转化
藻群落学加入了JGI研究人员创建的其他在线数据门户和工具，包括用于微生物和宏基因组数据集的整合微生物基因组和微生物群(IMG/M)系统、用于真菌基因组比较分析的真菌群落学和用于比较植物基因组的植物群落学
小郭和格里戈列夫鼓励科学家们使用藻群落的数据库并为其做出贡献
对于那些仍然需要进行藻类测序的人，格里戈列夫和郭建议他们通过JGI的社区科学项目进行申请
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