冷泉港实验室 阿斯彭·帕拉尼克在冷泉港实验室125周年开放日举办了世界上第一个移动遗传学实验室
新的苹果手机应用程序、基因组学(一种脱氧核糖核酸分析仪)和牛津纳米孔的USB大小的MinION(一种脱氧核糖核酸测序仪)的结合,使基因组分析变得便携和可访问。
信用:CSHL 冷泉港实验室(CSHL)的科学家开发了世界上第一个移动基因组序列分析仪,这是一个名为基因组学的新的苹果手机应用程序
通过将苹果手机与手持DNA测序仪配对,用户可以创建一个移动遗传学实验室,让人想起《星际迷航》中的“三序”
基因组学应用程序完全在iOS设备上运行,减少了对笔记本电脑或大型野外设备的需求,这对流行病和生态工作者很有用
阿斯彭·帕拉尼克从14岁的高中实习生开始,在CSHL兼职副教授迈克尔·沙茨的实验室里编写了8年的基因组学程序
苹果手机应用程序的开发是为了补充牛津纳米孔公司制造的微小DNA测序设备
帕拉尼克现在是脸书的软件工程师,在加入夏茨实验室时,他已经有了开发苹果应用的经验
他和沙茨意识到: “随着测序仪变得越来越小,没有技术可以让你在移动设备上研究这种脱氧核糖核酸
对脱氧核糖核酸的大多数研究:比对、分析,都是在大型服务器集群或高端笔记本电脑上完成的
" 沙茨认识到,研究流行病的科学家“在装满纳米孔、笔记本电脑和其他服务器的行李箱中飞行,在偏远地区进行分析”
“基因组学有助于使基因组研究更便于携带、更容易获得、更经济实惠
用户可以互相传送测序数据,在最偏远的地方进行基因分析——即使是那些没有互联网接入的地方
夏茨描述说,基因组学甚至可能很快会进入宇航员的手中: “人们对在太空中进行脱氧核糖核酸测序很感兴趣
我在试着看是否有办法让基因组学上来
有很多人对此感兴趣
这是一个真实的证明,你知道,在普通电脑上做任何分析都是不可能的
只是不可能带他们一起去
" 2013年,15岁的阿斯彭·帕拉尼克在冷泉港实验室迈克尔·沙茨的实验室学习基因组分析的基础知识
信用:CSHL 在《千兆科学》杂志上,帕拉尼克和沙茨报告说,基因组学算法可以快速绘制病毒病原体的DNA序列,如流感病毒或寨卡病毒,并识别对诊断和治疗重要的突变
他们还提供了一个分析其他病毒基因组的在线教程,例如来自一名SARS-CoV-2患者的基因组
Schatz梦想该设备将帮助现场工作人员和市民科学家: “今天,我们口袋里都装着专业相机,所以不难想象未来几年,我们所有人的智能手机上都装着自己的DNA测序仪
有太多的机会来测量我们的环境,寻找病原体,甚至扫描你自己
"
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