作者:印度科学研究所的西德拉特·塔萨沃·坎特 获取病毒样品和进行蛋白基因组分析的步骤
信用:Sheetal Tushir 印度科学研究所最近发表在《蛋白质组研究杂志》上的一项研究发现，导致新冠肺炎病毒的SARS-CoV-2分离株中存在多种突变和独特的蛋白质
研究还表明，当宿主的身体对病毒攻击做出免疫防御反应时，宿主会产生自己的几种蛋白质
新冠肺炎声称拥有超过2
仅仅一年就有500万人死亡
人类继续面临新的挑战，新的病毒株——或基因变异——正在从世界各地报道
为了更好地理解病毒是如何变异的，以及它的蛋白质生物学(蛋白质是利用遗传信息制造的)，由生物化学系教授乌帕尔·塔图领导的一个国际免疫学会小组进行了一项全面的“蛋白质基因组”研究——对SARS-CoV-2分离株进行了一系列分析
分离物或病毒样品是从孟加拉国同意的新冠肺炎阳性个体的鼻分泌物中回收的
基因组分析是利用像塔图这样的分子生物学家所说的下一代测序(NGS)来完成的，这种技术可以对整个基因组进行快速测序
他说，对世界各地病毒株的基因组进行测序非常重要，因为这有助于跟踪不断出现的突变
他的团队的分析表明，该病毒现在的突变速度比以前更快——三个孟加拉鲁分离株的基因组中有27个突变，每个样本超过11个突变，超过了全国平均水平(8
4)和全球平均值(7
3)
为了了解病毒的传播和进化史，研究小组利用序列数据构建了病毒分离株的全球系统进化树或亲缘关系树
系统发育分析发现孟加拉虎分离株与来自孟加拉的分离株最为接近
它还表明，印度的分离株有多种来源，而不是从一个单一的祖先变种进化而来
SARS-CoV-2基因组编码超过25种蛋白质，但迄今为止只有少数蛋白质被鉴定出来
塔图说:“研究病毒蛋白质提供了目前还没有很好代表的功能信息。”
在蛋白质组分析中，他的团队从临床样本中检测到了13种不同的蛋白质——其中大部分是以前未发现的
一种被称为Orf9b的蛋白质抑制了宿主的免疫反应，这种蛋白质已经被预测出来，但是IISc小组提供了它表达的第一个证据
“仅仅知道病毒的功能是不够的
我们需要把它放在主持人的背景下，”塔图说
因此，在第三项分析中，他的团队通过检查宿主蛋白质探索了我们的身体对病毒的反应
他们发现了多达441种新冠肺炎阳性患者特有的蛋白质，其中许多被推测在身体的免疫反应中起着关键作用
蛋白质组分析是使用一种叫做高分辨率质谱的技术进行的
该团队对这种方法在大规模测试中的潜力感到乐观
蛋白质可能是像新冠肺炎这样的感染的可靠标志，因为与流行的逆转录聚合酶链反应所依赖的核糖核酸分子相比，它们更丰富、更稳定
席塔尔·图希尔博士
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学生和该论文的第一作者说，“本世纪我们[希望]看到的最好的事情是使用质谱作为诊断的基本技术
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