约翰·英尼斯中心 说明rust表达式浏览器构造的流程图
RNA-Seq数据从1024份Pst样本中整理出来，并与Pst参考转录组(分离株Pst-130 [19]和Pst-104E [21])和小麦转录组1进行了比对。
1 [25]使用kallisto [26]，生成基因表达值(“数据准备”)
为每个样本收集元数据，并将其加载到MySQL数据库中
数据包括(一)宿主物种和品种，(二)宿主发育阶段，(三)宿主组织类型，(四)杀真菌剂处理，(五)感染水平，以及(六)采集日期和位置信息(“元数据整合”)
从GitHub克隆了可公开获得的expVIP代码，并将其转移到虚拟机
元数据、基因表达值和参考转录组随后被整合到rust表达浏览器中，使用gunicorn(“浏览器启动”)服务于互联网
所有使用的计算机代码都可以作为github存储库使用[27，28]，元数据文件可以通过figshare获得[29] 一种新的基因组工具已经推出，以帮助全球小麦锈病研究人员
由约翰·英尼斯中心研究人员开发的锈病表达浏览器是第一个能够同时查询臭名昭著的黄锈病病原体及其小麦宿主基因表达数据的基因表达浏览器
这个新的网络界面目前以一种简单的“点击”格式托管1024个基因表达数据集，以改善对这些有价值但复杂的数据资源的访问
特别是，它拥有数百个数据集，这些数据集是由桑德斯实验室开发的革命性的基于基因组的“现场病原组学”技术生成的
黄锈菌给全世界的小麦生产造成了毁灭性的损失，严重制约了英国的小麦生产
在英国医学中心基因组学发表的一篇新论文中，研究人员描述了这种新工具的创建，并展示了它在加速小麦黄锈病研究方面的效用
信用:约翰·英尼斯中心 医生
第一作者托马斯·亚当斯说:“我们很高兴能够与更广泛的社区分享实验室多年来收集的大量数据
我们希望这将使所有研究人员更容易获得这些数据集，无论他们是否接触过专业的计算机系统或任何测序数据的经验
" Pst RNA-Seq样品从不同的地理位置、实验条件和小麦品种中获得
从从所有小麦生长大陆收集的Pst感染植物样本中生成RNA-Seq数据集，其中大量样本(642个样本)来自欧洲，尤其是英国(334个样本)
地图是在R版本4中创建的
2 [35]，使用第0版的软件包
一个
0 [36]，rnaturalearthdata版本0
一个
0 [37]和rgeos版本0
5–5 [38]
939个Pst RNA-Seq数据集来自2013年至2018年间采集的Pst感染植物样本。
绝大多数(92%)Pst核糖核酸序列数据集是从野外采集的Pst感染植物样本中产生的
从64个可以确认品种的小麦品种中收集了d Pst感染的田间植物样品
这些小麦品种至少有3个样本说明
品种的确认是基于它们在欧盟作物品种数据库[33]或CIMMYT系谱数据库[34]中的存在 医生
相应的作者黛安·桑德斯评论道:“对于全球锈菌研究人员来说，锈菌表达浏览器是一个极好的资源
这无疑将为黄锈病和它的小麦宿主之间错综复杂的相互作用带来令人兴奋的新见解
"
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