专注于结果，人们不经常考虑“如何
”，例如，你想到了今天早上的“如何”工作，还是到了那里？在微生物组研究中，结果是图形和数据，但“如何”，如通勤，通常只是例程的一部分
然而，分析微生物体（无论宿主）的基本方面依赖于DNA提取和扩增方法
目前市场上的数性DNA提取方法各自能够提取DNA并产生众所述的结果，但每个都有一个略有不同的“如何
”实验室经常被实验室领导者选择的“转到”套件，并从代代生成到研究生
，一旦你选择了它的方法最好坚持那种方法只是因为每个人都知道不同的套件会产生略微不同的结果
bUT哪种方法是最好的？你是如何选择的？ “如何”真正影响结果是多少？你应该什么时候切换？实验设计和样品收集通常在任何项目开始时在很大长度讨论，但DNA提取方法通常被忽略
这种忽略DNA提取方法的重要性的这种偏置偏差变化研究人员Cecelia Giangacomo的局灶问题及其顾问Jason G
华莱士在其最新的植物植物期刊出版物中，“比较DNA提取和16S rRNA基因扩增方法对植物相关的细菌群落”“华莱士” “国家”这项研究让我们知道最佳/最有效的方法前进
我们的实验室做了很多植物微生物组工作，所以我们想要马肯定我们正在使用那些资源很好
我真的没有人这样做过，所以我们希望其他实验室发现它有用
“DNA提取套件被设计为广谱为了为微生物和宿主进行工作
在大多数植物微生物组项目中，与宿主相比将有一分钟的微生物DNA因此，微生物组测序中的最大挑战是优化在样品中提取微生物DNA在样品中的溶血DNA中
一旦提取DNA，研究人员将经常从样品中的所有生物中扩增一块DNA
这件DNA在各种各样的兴趣中保存，但在物种之间的特征在山姆内的多样性方面是不同的PLE
调查细菌的最常见目标之一 - 16S核糖体RNA基因 - 也存在于植物叶绿体中
虽然这种扩增方法在分离人中的微生物中井井用和环境样品仍然产生植物样品中的宿主污染（通过扩增叶绿体）
学分：vcpmartin / wikimedia / cc by-sa 4
0华莱士及其团队比较了四种常见的市售DNA提取方法：DNeasy植物（Qiagen），快速DNA（Zymo），提取物-N-AMP（Sigma-Aldrich）和Power土壤试剂盒（QIAGEN）
他们还看了四种不同的放大方法16S核糖体RNA基因的特异性区域以确定哪种方法在保留微生物DNA的同时排除宿主DNA的最佳作用
，一种方法可以通过改变扩增过程来选择宿主DNA华莱士及其同事们向加入分子夹，该分子钳将夹住叶绿体和线粒体DNA，基本上阻断不需要的DNA的扩增
它们还试图扩增16S基因的不同区域，这些区域将区分对叶绿体的16S基因的不同区域和线粒体RIA导致微生物组的更扩增DNA
它们的最终方法优化扩增过程的使用序列，“毒药”不需要的DNA，因此不能进一步扩增
该方法类似于在通勤上拍摄多条路线
每个都可能有一些重叠的风景，但也有唯一的属性;一个可能更景区，一个更快，另一个更加紧张
在华莱士的研究中，他们可以使用各种提取和放大途径来比较“如何”方法如何影响整体结果
虽然大多数研究人员知道他们的方法有偏见，但这是一个直接的并排比较，展示了每种方法如何产生不同的结果并改变样品的整体组成
“这项研究应该帮助人们在如何花费他们的时间和金钱来获得微生物组研究的最佳选择，“华莱士说 - 华莱士说
华莱士强调没有”完美的方法“，甚至在他们的研究中一些方法对于某些样本类型而言，但不是其他样品
此数据为研究人员提供了对其方法做出更好的明智决策的知识
即使是这里的最佳方法也可能不是特定的最佳方法项目，样品，类型或预算
公司正在不断尝试优化其产品，所以在前进，这一挑战希望对研究人员变得更容易最重要的是，这项研究推动了家庭可以影响结果的方法存在差异
没有“完美的方法
”这取决于研究人员，了解他们样本的细微差别，并选择他们希望地址的科学问题的最佳方法 道路可能会导致结果，试验“如何”可能值得努力找到微生物组研究的最佳路线 “”这不是范式转变，但它是一个小的，增量变化之一这有助于我们更好地进行研究，而且随着时间的推移，那些增加了很大的改进，“华莱士解释说：
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