物理科技生物学-PHYICA

利用机器学习识别人唯月沙苗类基因组中的古代RNA病毒

生物 2022-08-04 00:03:25

作者:鲍勃·伊尔卡,物理

(同organic)有机 信用:Pixabay/CC0公共域 隶属于日本多个机构的一组研究人员使用机器学习算法来帮助他们识别人类基因组中的古代核糖核酸病毒残留物

在他们发表在《美国国家科学院院刊》上的论文中,该小组描述了他们如何教他们的人工智能系统识别核糖核酸病毒残留物,然后用它来扫描人类基因组

先前的研究表明,当一个人(或其他动物)感染了一种病毒,这种病毒有时会通过添加自己的核糖核酸来改变宿主的脱氧核糖核酸

其他先前的研究表明,许多年前感染人群的古代病毒有时会在人类基因组中留下它们的核糖核酸残余

然而,由于每种疑似病毒都需要进行大量的比较,找到这样的残余物被证明是具有挑战性的

在这项新的努力中,研究人员使用机器学习算法来帮助搜索

为了训练算法,研究人员使用了来自已知的非逆转录病毒内源性核糖核酸病毒成分的核糖核酸

他们的想法是,通过用现代病毒核糖核酸训练算法,系统可以大致了解病毒核糖核酸的样子

研究人员认为,这种共性也可能存在于古代的核糖核酸中

经过训练后,研究人员对他们的系统进行了微调,以防止尽可能多的假阳性

然后他们让它在人类基因组上工作,并确定了大约100种可能性

在研究了各种可能性之后,研究人员发现,其中许多已经为人所知,许多还低于他们设定的作为通过/失败选项的阈值

这使得他们只剩下一种可能的未知病毒残余

研究人员随后观察了同样的残留物是否出现在其他物种的基因组中,如狨猴和黑猩猩,并发现事实确实如此

这一发现表明插入发生在至少4300万年前——在物种分化之前

研究人员建议,他们的方法可以扩展到包括其他类型的病毒,并指出,这种方法可能会揭示其他残留物

他们进一步指出,更多地了解古代病毒以及它们如何影响人类基因组,可以让我们深入了解尚未被发现的现代病毒行为

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