中国科学院 微生物群搜索引擎2的设计
信用:京 宏基因组学——对环境样本中遗传物质的研究——随着物种的进化或在全球范围内的发现而不断发展
为了将新开发的微生物群与现有的数据集联系起来，一个中国的研究团队开发了微生物群搜索引擎2 (MSE 2)
该书于1月29日出版
19在美国微生物学会杂志《微系统》上
“在这里，我们介绍MSE 2，一个微生物群数据库平台，用于在全球宏基因组数据空间中基于整个微生物群的分类或功能相似性搜索查询微生物群，”中国科学院青岛生物能源与生物加工技术研究所生物燃料重点实验室单细胞中心的第一作者景说
搜索引擎的前一个版本将查询限制在分类相似性上，这意味着功能基因必须匹配
研究人员没有办法比较在不同微生物群中执行相同功能的不同样本
景教授说，研究相同功能如何在不同微生物中进化的能力可以为识别和治疗疾病提供指导
“基于搜索的策略对于微生物组数据集的大规模挖掘是有用的，通过微生物组大数据提供微生物组数据空间和疾病诊断的鸟瞰图，”景说
“通过功能相似性搜索微生物群空间的新能力极大地扩展了基于搜索的微生物群大数据挖掘的范围，”景补充道
“通过为这些应用和相关应用添加基于功能的维度，MSE 2将加速不断扩展的宏基因组数据空间的大规模挖掘
" MSE 2包括一个扩展的数据库，其中包含来自819项研究的元数据、更新的数据兼容性以更好地整合新获得的数据集和一个用户友好的界面
单个查询需要不到半秒的时间来搜索包含260，000多个样本的整个数据库
“在过去的十年里，我们一直在热情地收集已发表的微生物数据——它们记录了曾经生活在我们星球上的微生物种类和微生物群落类型
“通过在一个可挖掘的数据库中收集和管理它们，MSE 2让这些地球上看不见但却至关重要的生物被后代‘记住’，让那些最先发现它们的科学家得到认可，”同样来自单细胞中心的第一作者刘璐说
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