中国科学院李源 信用:CC0公共领域 从消化样品中提取的微生物脱氧核糖核酸的产量、纯度和完整性对于扩增子测序的下游分析至关重要
这些质量标志受到化学和机械裂解的影响
然而，化学和机械裂解的贡献尚未在脱氧核糖核酸提取方法学中进行研究
最近，中国科学院亚热带农业研究所的研究人员比较了化学和机械裂解对微生物DNA质量和下游扩增子分析的影响
化学裂解包括QIAamp快速脱氧核糖核酸粪便迷你试剂盒(QIA)和RBB + C (YM)，而机械裂解包括珠(BB)和沙打(SB)
这项研究发表在《微生物前沿》杂志上
研究人员发现，化学裂解(QIA和YM)在收集脱氧核糖核酸方面显示出相似的效率
虽然化学溶解并不影响整个细菌群落，但YM增加了一些纤维分解细菌属，其相对丰度范围为0
33比0
78%
QIA使未分类的原生动物比YM增加了约24倍，并且倾向于产生更多的原生动物扩增子，并且扩增子长度多态性的丰富度比YM高
就机械裂解而言，BB和SB的收获效率相近，而DNA质量和细菌及原生动物群落无差异
BB在不影响细菌DNA质量和丰富度的情况下，大大提高了DNA产量，但降低了原生动物的丰富度
这些发现揭示了用于分析细菌和原生动物群落的脱氧核糖核酸提取方法略有不同
YM和QIA提供的化学裂解法更适合提取用于分析细菌和原生动物群落的DNA
沙子可能是提取脱氧核糖核酸的替代搅拌器，机械裂解不建议用于原生动物群落分析
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