由新加坡国立大学
Modtect通过标准RNA-SEQ发现多种类型的RNA修饰
[图
（a）示意图描绘了用添加的化学部分的碱基对破坏的RNA改性[3-甲基瓜汀（M3U）]破坏Watson-Crick碱基配对（B）RNA改性，其破坏碱基配对导致核苷酸的MIRINCORATION，从而产生多核苷酸失配模式，并导致修改的基础跳过以产生删除SIGNAT在逆转录过程中，在三种不同类型的碱基对破坏RRNA修饰中检测多核苷酸失配和缺失信号的检测
顶部：屏幕截图描绘了所检测到的多核苷酸错配和缺失签名RNA-SEQ但不是通过全基因组DNA测序（DNA-SEQ）在M3U部位中间：从DNA测序和RNA-SEQ观察到的每种类型的核苷酸和三种不同类型的碱基对的缺失的百分比 - 在28秒：1322 rRNA，28秒的rRNA，M3U和18℃下的3-（3-氨基-3-羧丙基）伪尿苷（M1acp3 +），在18秒：1248 rRNA（M1AcP3），M1-甲基喹喔啉（M1A）。
在图表的顶部表示测序深度
底部：错配率，删除速率和o型在对应于对应于每种类型的碱基对破坏RNA改性的部位观察到的f失配
（d）鉴定核糖体RNA（RRNA）的碱对破坏RNA修饰，留下的碱对破坏RNA修饰
左侧： Modtect允许有效提取来自RNA-SEQ的RNA改性位点的多核苷酸错配和缺失信号
使用我们设计的统计模型提取改性分数所示的多核苷酸错配信号，而不需要DNA测序[在每个RNA修饰周围的缺失信号也被描绘出
右：精确召回曲线，基于来自934 RNA-SEQ数据集的RRNA改性位点生成的该区域在每种方法的精确召回曲线下是IND在表格
中，学分：DOI：10
1126 / SCIADV
1126 / SCIADV
ABD2605在新加坡癌症科学研究所的研究人员的研究突破（CSI新加坡） ）在新加坡国立大学开发了一种软件，可以帮助揭示RNA修饰与疾病和疾病发展之间的关系由Daniel Tenen和Dr教授领导
亨利杨，科学家设计了ModTect-一种可以的新计算软件使用来自临床队列研究的预先存在的测序数据鉴定RNA修饰
用型号，团队进行了自己的新型泛癌研究，涵盖了33种不同的癌症类型
它们发现这些RNA之间的关联癌症患者的修饰和不同的生存结果
“”这项工作是少数研究中，证明MRNA改性与癌症发育的关联
我们表明eptrastcriptome在多种癌症患者中讨论过患者类型和另外与癌症进展和生存结果相关联，“博士
亨利杨，CSI新加坡的研究副教授
”“在过去十年中，序列人类基因组的能力改变了研究正常过程和癌症疾病我们预期这样的研究，如此，最终导致RNA完全测序并直接在RNA中检测修饰，对疾病的表征产生重大影响和铅为了新的治疗方法，“CSI新加坡的高级首席调查员教授
在2021年8月4日发表于科学推进的团队的突破
什么是RNA修饰？虽然大多数人都很熟悉通过DNA，RNA在人体细胞功能中发挥至多要的作用
与DNA不同，DNA具有大多数人熟悉的双螺旋结构，RNA是单链分子的家族执行各种基本生物学Al roles
例如，Messenger RNA（mRNA）传染引导不同蛋白质的产生的遗传信息算像DNA作为一种膨胀的文库，填充有关于如何制作不同蛋白质的书籍的书籍
构成书籍内容物的单词序列中的每个字母称为核苷酸，其是用于存储遗传信息的小分子以确保遵循这些指令MRNA制作书籍的副本并从核糖体中储存DNA的细胞核中的副本
这些核糖体是“工厂”，其中蛋白质合成
没有RNA，无需RNA，所以有价值的遗传将永远不会使用存储在我们的细胞中的说明
其他类型的RNA表现为其他重要功能
一些有助于催化生化反应，就像酶一样，而其他有助于催化生物化学反应，而其他有助于酶，而其他类型的调节基因表达有时会发生对RNA的小化学修饰，并且有时会发生并改变函数和稳定性分子
这些修饰及其效果的研究称为“eptrancemadomics”在过去的研究表明，阿尔茨海默氏病和癌症等疾病的发展与某些RNA修饰之间的联系
然而，尽管多次尝试研究这些aSsociations更深入地，对epitrAstcriptomes的研究已被证明是困难的，直到CSI新加坡的科学家从大型患者队列中的这种突破，收集和加工患者样品具有挑战
经常检测RNA修饰涉及技术上复杂的方法，例如用难以进入的化学物质处理样品
这些技术通常还需要使用大量样品，这些样品很难获得RARER条件其中，科学家的能力受到建立特定RNA修饰和各种人类疾病之间的关系的能力
软件使eptranscriptomics更容易制作CSI新加坡团队的软件使用RNA SDR从其他大型临床队列研究中获得的诸如检测在这些RNA序列中的修饰，ModTect寻找错配信号和删除信号
在实验酶科学家用来将RNA转回时出现的错配信号DNA在测序期间掺入随机核苷酸
缺失信号，另一方面，当酶有时跳过序列的一部分，这些信号被称为“MISINC申报信号
“与其他模型不同，Modtect不需要与不同类型的RNA修改对应的MIS通员信号分布数据库，以识别或对它们进行分类
ModTect甚至可以识别出于具有急外不同的新信号配置文件是p.经过综合记录
通过将软件应用于大约11,000名癌症患者RNA测序数据集，CSI新加坡团队能够踏上一种研究RNA修饰和患者临床结果之间的关联
模特能够利用这些大型数据集，并用稳健的统计过滤处理它们
它推出了某些类型的eptrancorcaseome与患者的癌症进展和存活结果相关
这一发现突出了潜在使用RNA修饰作为可用于测试疾病的生物标志物分子
解开以前探讨的逃脱检测的序列差异的谜题，从细胞中的DNA传输遗传信息将其携带到细胞核糖体的RNA分子的核是关键方法
然而，该传输过程不完美并导致RNA-DNA序列的差异
这些不匹配已被广泛记录
然而，目前尚不清楚这些观察是由mRNA的修饰引起的，为什么这些位点通过Sanger测序逃脱检测（最常用的DNA测序方法之一）
CSI新加坡的群体揭示了对多年来这些RNA改性信号窒息的潜在的解释
他们解释了一些eptrAstcriptomes如何妨碍使用标准逆转录酶（RT），即酶用于将RNA转化为DNA
这种酶是基因组测序中的科学家使用，其使用是实验成功的最关键步骤之一
，在Sanger测序技术
中以这种阻抗修饰的RNA在调作其下，该团队使用新开发的RT酶，已知其绕过这些改性位点的效果的能力
这允许它们观察最初未检测到的Sanger测序
学科的eptrancecriptomes
epitranscriptomics仍然是一个新兴和快速发展的领域，迄今为止通过利用模式来检测到大约170个RNA修饰，强奸教授和他的团队能够为人类疾病与癌症之间的关系提供新的见解 - 这种RNA修饰
该软件将在Github上公开提供用于其他科学家使用
该团队希望他们的贡献有助于进一步研究，从而建立任何潜在的因果或机械关系RNA修饰和肿瘤形成
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