作者:约翰·休伊特
（同organic）有机 极光激酶A蛋白的结构
基于PyMOL的蛋白质数据库分子可视化系统渲染(PDB) 1mq4
信用:由Emw创建，维基媒体CC BY-SA 3
为了使肿瘤成功地在体内扎根和扩散，它们通常必须满足几个发育里程碑
这些包括抑制细胞凋亡，培养复制和血管生成，摆脱对生长因子的依赖，变得不那么粘，变得更粘
在这些多细胞和谐的支柱背后，通常有某种蛋白激酶在牵线搭桥
通常情况下，这些激酶会变得异常，因为突变会使它们高活性或低活性，或者因为其他邪恶的事件，如基因融合
因此，抑制这些叛徒的行为已成为抗癌治疗的主要手段
大型在线数据库已经成为这一努力的重要工具
周一，我们介绍并测试了有丝分裂3
0，一个流行的，免费提供的线粒体蛋白质组概要
虽然这个蛋白质组仍然是绿色的，不断增加和减少它的等级，大数据激酶世界可以说是更加成熟了一点
自2002年以来，对大约518种蛋白激酶保持了长期支持
这本质上是人类的亲属
还有大约55个部分失效的假激酶储备仍然封存在基因库中
许多人扮演脚手架的角色，而其他人则基本上处于边缘状态，希望有一天基因重组的家常便饭能够恢复他们以前的荣耀
基因组中每个成员的缺陷和特征已经被细化到专门的数据库中，用于将突变、抑制剂、相互作用、结构等列表
最新的主要补充，异想天开地被称为激酶基因融合数据库功夫，刚刚发表在自然科学数据杂志上
功夫包含所有实验验证的框内激酶基因融合体，这些融合体保留了癌细胞系中已鉴定的活性催化结构域
框内融合保留了融合基因的密码子结构，因此将被翻译成融合蛋白的正确氨基酸序列
这些特征在癌症模型中提供了一组独特的激酶基因融合靶点
“可饮用性”是一个模糊的术语，通常以类似于“可饮用性”的方式使用，当然，这意味着一种啤酒，人们可以与它有很高的亲和力，或者至少是一种看起来类似于其他以前描述的可饮用啤酒的啤酒
深度测序和融合检测算法的进步使得像《功夫》这样的数据库成为可能
它的一个好处是，免费提供的存储库带有完整的开源代码
用户可以根据自己的需要添加到数据库中，也可以利用Python脚本来建立自己的MySQL数据库并与之交互
Github代码可以在这里找到
另一个有用的蛋白质组学数据库被称为激酶降解性全球图谱，最近发表在《细胞》杂志上
它也是一个开放的入口，为200多种激酶提供化学引线
研究人员已经意识到抑制一种讨厌的激酶的最好方法并不总是用药物来抑制它
由于激酶都有相似的催化域和结构，药物往往会有许多副作用
更聪明的方法可能是自然降解它们
换句话说，利用细胞现有的蛋白体系统(及其广泛的个体泛素连接酶)选择性地将激酶驱动到砧板上
这是通过使用特殊的小降解分子来完成的，这些小降解分子有时被不幸地命名为PROTAC，用于靶向嵌合体的蛋白水解
分子的一端，弹头，与特定的泛素E3连接酶结合
另一端，即目标，与不需要的蛋白质结合
如果一切顺利——也就是说，如果绑定成功地瞄准、降级并建立了功能效果——那么您就赢了
这个赢家不一定是绑定亲和力最高的家伙；相反，正是这个人可以完成所有这些步骤
丹纳-法伯癌症研究所的纳撒尼尔·格雷和埃里克·费舍尔的实验室里，可以拿出退化的基因组的最新地图进行旋转
在宾夕法尼亚州马尔文的生物技术温床，有两家公司在这些问题上有特殊的专长
一个是生命传感器，它是为研究泛素化和降解物提供商品和服务的行业领导者
另一个是反应生物学，它最近在德国收购了原核酶，以及它们的一大组活性重组蛋白激酶
反应生物学提供了他们自己的网络工具，包括用于可视化激酶活性的激酶图谱
组学资源与承诺的智能多欧姆极乐的结合正在等待结果
然而，在公司和学术生物技术领域，可公开访问的数据库的快速增长无疑是今年的一大亮点
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