作者:亚伦·J
博伊斯·汤普森研究所布奇 茄果是现代栽培番茄的野生祖先，其果实大约有蓝莓那么大
信贷:斯科特·皮科克和中央银行
M
里克番茄遗传资源中心
几千年前，南美洲的人们开始驯化茄属植物，这是一种杂草植物，果实小且味道浓郁
久而久之，植物进化成了S
番茄——现代栽培番茄
虽然今天的西红柿比它们的野生祖先更大，更容易种植，但它们对疾病和环境压力(如干旱和盐渍土)的抵抗力也较差
由张钧·费领导的博伊斯·汤普森研究所的研究人员为S
发现了构成水果风味、大小和成熟、抗逆性和抗病性的基因组片段
该结果发表在11月16日的《自然通讯》上
“这个参考基因组将使研究人员和植物育种者能够改善番茄的性状，如果实品质和抗逆性，”费说，“例如，通过帮助他们发现现代番茄中的新基因，以及通过从S
随着时间的推移，青春痘逐渐消失
番茄被驯化了
" 费是大学的教员，也是这篇论文的合著者，同时也是康奈尔大学综合植物科学学院的兼职教授
尽管其他组先前已经对S进行了测序
费说，这种参考基因组更加完整和准确，部分归功于能够读取非常长的DNA片段的尖端测序技术
费实验室的博士后科学家是这篇论文的合著者，他说:“旧的测序技术读取短片段的脱氧核糖核酸就可以识别单碱基水平的突变。”
“但他们不擅长寻找结构变异，如大块脱氧核糖核酸的插入、缺失、倒置或复制
" 茄果是现代栽培番茄的野生祖先，其果实大约有蓝莓那么大
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“番茄的许多已知特征是由结构变异引起的，所以这就是我们关注它们的原因，”费说
“结构变异也没有得到充分研究，因为它们更难识别
" 费的小组比较了他们的S
紫番茄参考栽培番茄的基因组，称为亨氏1706，发现了92，000多个结构变异
研究人员随后梳理了番茄全基因组，这是一个包含725个栽培番茄和近缘野生番茄基因组的数据库，并发现了与许多重要性状相关的结构变异
例如，现代栽培的番茄有一些基因组缺失，降低了番茄红素的水平，番茄红素是一种具有营养价值的红色色素，还有一个插入片段，降低了其蔗糖含量
吉姆·乔瓦尼诺尼是BTI大学的教员，也是这项研究的合著者，他指出，许多消费者对现代生产的番茄的质量和味道感到失望，因为过去的育种工作忽略了那些有利于表现和产量的特征
“鉴定在南方捕获的额外遗传多样性
皮条客番茄基因组为育种者提供了将这些重要特征带回商店购买的番茄的机会
S
农业部的农业研究服务
研究人员发现了许多植物育种者感兴趣的其他结构变异，包括许多抗病基因的变异，以及与果实大小、成熟、激素调节、代谢以及花、种子和叶子发育有关的基因的变异
该小组还发现了与调节果实表皮脂质生物合成相关的基因表达相关的结构变异，这有助于改善果实的采后表现
费说:“在番茄驯化过程中，很多遗传多样性丧失了。”
“这些数据可能有助于将这种多样性带回来，使西红柿味道更好，更有营养，更有弹性
"
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