A，图8-12的图示SS鼠标胚胎
虚线表示B中所示的矢状组织部分的估计位置; d，背部; v，腹; r，右;我左边; A，前; p，后
b，用核染料dapi（白色）染色的三个独立采样的8-12 ss胚胎的20μm矢状部分的瓷砖扫描红色框表示所选领域查看（FOV.）使用Seqfish
c，使用Seqfish的空间转录组织的实验概况的图示，在16个序列的杂交中的351个选定的基因中，具有36个基因的12个非条形序列的Sm鱼杂交回合对于每个靶向基因，17-48个独特的探针用于捕获mRNA; UMAP，均匀歧管近似和投影
D，使用E-Cadherin（E-CAD），N-Cadherin（N-CAD），泛钙粘蛋白（PAN-CAD）和β的组合的细胞分段策略由寡核蛋白抗小鼠IgG二次抗体（橙色）检测的-Catenin抗体（AB;绿色）染色，其被叔探针序列的识别
丙烯矿（Blue Star）（蓝色）交联进入水凝胶脚手架即使在组织清除期间蛋白质去除后，也可以保持在适当位置
细胞分段标记可以通过荧光团缀合的读出探针（红色）读取; AB1，抗体1; AB2，抗体2e，使用D在D
细胞分割信号中引入的策略的致策略的10μM
5小鼠胚胎的细胞分段染色。用于使用Ilastik（右）
以相似的N = 3胚胎重复，使用类似结果的所有n = 3胚胎重复，代表性的日志表达数为12选择的
。通过Seqfish测量以验证性能的基因
该实验对于所有N = 3个胚胎重复，具有类似的结果
G，高分辨率在红色，青色，绿色和橙色的心肌细胞标记物标记（TTN），TBX5，CDH5和DLK1中的VED'数字原位'分别表示单独检测到的mRNA斑点，并且盒子表示单独检测到的mRNA斑点放大的区域以更好的可视化
该实验对于所有N = 3胚胎重复，具有类似的结果
学分：DOI：10
1038 / S41587-021- 01006-2高分辨率基因表达图已与单细胞基因组学数据组合，以创建用于研究哺乳动物在哺乳动物开发期间采用不同身份的新资源
空间鼠标地图集是之间的合作结果Embl欧洲生物信息学研究所的研究人员（Embl-Ebi），Babraham INstitute，剑桥干细胞研究所，癌症研究英国（Cruk）剑桥研究所和加州理工学院（CALTECH）及其同事
细胞命运决定确定细胞如何发展成不同的细胞类型不同细胞类型的发展最终导致体内所有不同组织的形成
该复杂过程涉及来自周围组织的许多不同信号，以及机械约束，表观遗传修改和变化基因表达
这些因素创造了独特的细胞和组织类型，最终导致所有称为有机组织的过程中的所有主要器官使用单细胞RNA测序的研究（Scrnaseq）已经提供了洞察力在早期发育期间小鼠胚胎变化中细胞的分子景观如何
然而，Scrna碱基方法需要胚胎中的细胞进行解离 - 或分离 - 这意味着空间信息丢失
在自然生物技术出版的研究将ScrnaYSQ数据与空间分辨表达谱结合在一起，以在整个胚胎
的单细胞分辨率下产生基因表达的图表
，我认为这是最多的前任之一引证了整合空间解决的转录组和单细胞测序的例子，为科学界创造新的资源，“Embl-Ebi的研究负责人John Marioni表示
”它也可以建立在内的工作跨越发育阶段的更多靶基因
“细胞根据其转录物数据改变到Seq鱼小鼠胚胎图学分：Shila Ghazanfar，癌症研究英国剑桥研究所
设计：Karen Arnott，Embl-Ebi使用8-12个SoMite阶段小鼠胚胎进行了本研究的研究人员
这种发展阶段特别感兴趣，因为它是群体内的细胞YO开始区分，或者成为特定的细胞类型
研究人员应用了基于图像的单细胞转录组学方法-Seqfish（由Caltech的合作者开发） - 检测387个靶基因它们将此信息与scrnapeq数据组合在一起，在此研究中生成鼠标开发阶段的细胞类型的图表
“”我们需要处理，分析和集成大量数据集以使我们能够映射Cruk Camb的研究助理Shila Ghazanfar说，细胞的身份，“Shila Ghazanfar说Ridge Institute
“这种新方法意味着我们可以使用不同颜色拍摄胚胎的一部分，并基本上用不同的颜色将细胞类型上下文放置在单细胞分辨率下胚胎的解剖结构上
“洞察大脑和肠道型Lohoff，pH
DD
D在Babraham Institute和领导作者上的学生在论文中，评论：”以前，研究人员已经能够测量胚胎细胞的基因表达谱
然而，它长期以来，将这些概况链接到其原始空间位置的技术挑战
我们的工作已经能够克服这一挑战，提供关键信息关于细胞的空间环境如何对器官开发和开放是关键的“新的研究途径”
“研究人员能够使用他们创建的空间鼠标地图集，以发现新的洞察力进入小鼠的开发
他们能够在发展中找到以前未报告的基因表达信息鼠标的脑和肠道
这种新方法为未来研究寻找空间基因表达的未来研究提供了一种强大的框架，既是鼠标和潜在的其他生物系统
“已经存在允许我们确定一些分子事件，导致小鼠中的器官的发育
通过提供哺乳动物之间共享的开发的更详细的蓝图，这项研究可以帮助进一步推进产生细胞类型的可能性Regenerativ的菜E Medicine
“Babraham Institute的表观遗传学研究计划的团队领导者教授沃尔夫雷克教授
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