新加坡技术与设计大学 基于M13主要外壳蛋白原始结构的粗粒模型的分子视图 原子模拟是研究原子和分子运动和相互作用的有力工具
在许多生物过程中，大规模效应很重要，例如将大型病毒组装成纳米粒子
这些大病毒的组装过程对许多装置的设计和病毒蛋白靶向治疗具有根本的重要性
然而，这些组装过程的时间和长度尺度对于分子分辨率的模拟来说通常太大
此外，即使计算能力的提高允许更复杂和更长的模拟，病毒结构，如M13，仍然是遥不可及的
这就是为什么新加坡技术与设计大学和麻省理工学院的一个研究小组开发了一种将大规模组装过程与分子模拟联系起来的程序
SUTD的科学、数学和技术集群的助理教授德斯蒙德·洛克说:“对于M13的模拟，我们从不同的力场开始
选择合适的力场，并将其用作分子动力学模拟的输入，该模拟采用粗颗粒模型，旨在捕捉装配过程的关键模式
" “虽然我们知道基于M13的制造可以从根本上由纳米粒子-肽相互作用驱动，这可能也是M13型生物工程背后的一个关键原理，但我们对M13表面上重复的短肽模式实际上是如何参与这些相互作用的知之甚少
为了研究这一点，我们必须理想地包括病毒外壳蛋白的完整结构，这对于目前最先进的分子动力学模拟来说是一项困难的任务
文章第一作者李伦娜
该程序允许用户在实际水平上向溶液中添加不同类型的纳米粒子
受这一过程的启发，助理教授洛克和他的同事能够用纳米粒子在溶液中模拟一种大规模病毒，持续50纳秒
医生
李说:“病毒的结构和溶液总共含有大约70万个原子
“考虑到特征的形状和大小，这种模拟的复杂性可能比以前进行的任何模拟都要大
“如果使用更小的M13模型，以微秒为单位进行模拟是可能的，但减少实际观察整个结构如何影响M13和纳米粒子之间组装的时间是值得的，”助理教授洛克解释道
来源：由phyica.com整理转载自PH，转载请保留出处和链接！
