由eLife 迷你机器人是一种便携式设备，可以对从环境中采样的遗传物质进行测序——这里是英国剑桥的剑桥河
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0) 研究人员使用世界上最小的智能手机大小的DNA测序设备来监测河流生态系统中数百种不同的细菌
英国剑桥大学的跨学科团队在《电子生命》杂志上发表文章，为使用这种名为MinION(来自牛津纳米孔技术)的设备监测淡水健康提供了实用的分析指南
与现有方法相比，他们的指导方针为实验室外的这项工作提供了更具成本效益和简单的方法
剑桥的赛艇运动员和游泳运动员经常受到水传播疾病的影响，如韦尔氏病，有时会导致这座城市标志性的水路公共关闭
监测淡水中的微生物种类有助于发现致病微生物甚至水污染
但是淡水细菌的传统测试通常需要设备完善的实验室和复杂的方法来培养单个细菌物种的菌落
“直接测量淡水中所有细菌的DNA痕迹，一种被称为宏基因组学的方法，是一种有价值的选择，但仍然需要大型、昂贵的设备，很难操作，”安德烈·霍尔泽说，他是第一作者和博士
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剑桥大学植物科学系的学生
“我们的目标是使用新的便携式DNA测序技术描述Cam河中存在的细菌种类
" 该团队使用迷你设备对在卡姆河水样中发现的整组微生物的DNA进行测序
但是在他们能够使用序列数据之前，他们需要优化他们的实验方法和分析软件
“解释这种新型细菌DNA序列信息的质量至关重要，”霍尔泽解释道
“我们测试了许多不同的数据处理算法，以找到最准确的方法
" 然后，研究人员使用他们的优化指南来分析数据，并成功地测量了水中数百种不同细菌的比例
他们从沿河的九个不同地点取样，通常在三个不同的时间点取样，这样他们可以比较不同地点和季节的物种比例
该团队还能够区分密切相关的有害微生物物种和无害微生物物种
通过比较不同地点的样本，他们发现在河流最密集的城市地区下游，有更多潜在的有害细菌和与废水相关的细菌
对从同一城市地区收集的水样进行的化学后续分析显示，这些地区的废水污染呈相应增加的趋势
“我们的工作展示了MinION和相关的DNA测序技术如何用于有效监测淡水健康，”劳拉·厄本说，她是这项工作的联合首席研究员，现在是新西兰奥塔哥大学的亚历山大·冯·洪堡研究员
“这扩展了该技术的现有应用，包括在最近的埃博拉、寨卡和非典病毒爆发期间，准确追踪患者之间的病毒传播
" “我们希望我们的结果将鼓励其他独立的科学家和集体在全球范围内从事简化的淡水管理和生物多样性测试，”资深作者马克西米连·斯坦姆尼茨博士总结道
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剑桥大学兽医系的学生
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