中国科学院 拉曼激活细胞喷射和测序程序
信用:苏卢晓 由于中国一组研究人员开发的改进技术,细胞更容易理解
使用一种叫做拉曼激活细胞喷射和测序(RACE-Seq)的方法,科学家们能够提高从我们的环境中识别和测序单个细胞的成功率,以了解细胞的功能。
他们最近在《分析化学》上发表了他们的结果
论文作者、中国科学院青岛生物能源与生物加工技术研究所单细胞中心研究员苏卢晓说:“RACE-Seq是一种从环境中识别、分离和测序具有特定功能的单细胞的有用技术。”
“然而,对于环境样品,RACE-Seq的成功率和质量一直很低
" 单细胞拉曼分类和测序工具,如RACE-Seq,帮助研究人员理解自然界中单个细胞的功能和遗传成分之间的机械联系。
对于遗传变异的环境,如环境中发现的土壤,RACE-Seq允许细胞根据其功能作用进行分类,而不破坏它们,并对它们的基因组进行测序,以建立遗传和功能之间的机械联系。
在RACE-Seq期间,细胞被装载到微芯片表面,并在用激光照射之前立即风干
细胞被识别并被注射到另一个芯片上的接收孔中
然后细胞被分裂,它们的遗传物质被处理,以确定与感兴趣的特定功能的潜在机械联系
以前,这种方法可以为个体大肠杆菌产生约20%的基因组覆盖率
大肠杆菌细胞
现在,研究人员已经改进了方法,使覆盖率达到50%左右
SU和他的团队发现,调整激光的能量输入有助于保护细胞产生更好的输出
他们还发现,改变其他步骤的持续时间、温度或其他方面无助于提高产量
为了解决这个问题,研究人员在扩增分选细胞的DNA之前添加了油
这种简单而优雅的操作减少了拉曼辐射的有害影响,并大大提高了基因组的完整性
此外,对于土壤微生物群,这可能是自然界中最复杂的微生物群落,这一新方案极大地提高了RACE-Seq的实验成功率
单细胞中心主任徐建说:“我们的发现为提高种族序列性能提供了一个切实可行的解决方案,因此应该让全球许多对单细胞测序感兴趣的实验室更容易获得这项技术。”
研究人员还指出,RACE-Seq仍然不能从环境样本中精确地以一个细胞的分辨率产生高质量的基因组
他们正在引入新技术,可以实现从自然环境中对每个微生物细胞进行功能分类和测序的最终目标
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