莱斯大学的迈克·威廉姆斯 莱斯大学科学家的一个算法预测了胶原蛋白的结构和熔化温度,胶原蛋白是三螺旋结构,约占人体蛋白质的三分之一,在皮肤、骨骼、肌肉、肌腱和韧带中形成纤维胶
信用:道格拉斯·沃克 胶原蛋白是生物蛋白之王,现在有了SCEPTTr
这是莱斯大学科学家开发的一种算法的手柄,他们研究胶原蛋白的天然和合成版本,胶原蛋白约占人体蛋白质的三分之一,在皮肤、骨骼、肌肉、肌腱和韧带中形成纤维胶
该程序——全称,胶原模拟肽转变温度评分功能——准确预测胶原三螺旋的稳定性,胶原三螺旋是形成原纤维的主要结构
由化学家兼生物工程学家杰弗里·哈特格林克和研究生道格拉斯·沃克领导的莱斯团队,根据他们自己的实验和文献,对431个胶原蛋白三螺旋进行了测试,并将其用于指导新型合成胶原蛋白螺旋的设计
据研究人员称,《自然化学》杂志的这项研究可以帮助研究人员更好地理解关键蛋白在伤口愈合和癌症中的作用,并可以用来设计合成胶原蛋白
该论文显著改进了实验室2012年预测合成胶原结构稳定性的项目
哈特格林克说:“它的局限性之一是它只能理解非常窄范围的氨基酸。”
SCEPTTr将这一概念扩展到了所有的天然氨基酸
这基本上使它成为胶原蛋白设计的安装器,在台式电脑上几周的试错可能会缩短到几秒钟
哈特格林克说:“第二个主要的改进是,虽然早期的工作不能告诉你一种胶原蛋白在室温下是否稳定,但道格的程序预测了熔化温度,即三螺旋分解的温度。”
“最重要的是,它是一个易于测试的值,也适用于生理温度
“这对我们来说很重要,因为如果你把它放在一个活的有机体中,它就会分崩离析,这并不是特别有用,”他说
对于给定的三个序列,SCEPTTr返回不止一个结果,详细说明输入肽的所有可能组合,并提供每个组合的解链温度
沃克说:“斯捷普特做的最重要的事情之一是观察所有可能的替代结构,并告诉你它们有多稳定。”
“这有助于我们在制造这些复杂的混合物之前了解它们的样子
" 沃克为这个项目带来了独特的人才组合,他花了一半的时间合成胶原肽,一半的时间编写SCEPTTr程序
“当我还是一名本科生时(在爱达荷州立大学学习化学),我坚持上数学课,因为我真的很喜欢它,”他解释道
“这让我想到,‘好吧,我离辅修数学只差一个班。’
这碰巧是一门计算机科学课程
" 尽管有所保留,沃克发现他喜欢编程
“早些时候,我说,‘嘿,道格,你懂电脑吗,因为我有个项目给你,’”哈特格林克回忆道
“我认为这个想法是,如果他不懂编程,他就必须想办法解决这个问题
" 沃克说,该计划将在网上免费提供
他说:“我们想让这成为一个更容易进入的领域,而SCEPTTr应该让人们更容易理解胶原蛋白。”
来源:由phyica.com整理转载自PH,转载请保留出处和链接!