EcoTyper工具使斯坦福大学的研究人员能够更好地了解细胞(如这些肺癌细胞)在不同环境中的行为
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com 斯坦福干细胞生物学和再生医学研究所的研究人员设计了一种工具来检查细胞在身体各种环境中的行为和相互作用
他们已经用它来更好地了解癌症是如何发展和治疗的
博士艾伦·纽曼说:“现在我们可以观察组织的组成部分——整个细胞生态系统的结构方式——而不仅仅是观察存在的细胞类型。”
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，生物医学数据科学助理教授，研究所成员
“这是一种更有效的观察组织的方式
" 这个名为EcoTyper的工具结合了新的计算机算法和研究人员以前开发的算法，来分析细胞类型，它们是如何排列的，以及细胞正在产生什么样的核糖核酸信息
研究人员能够分析大量大块组织中细胞的相互作用，使用计算机分析来确定某些细胞亚型在组织中的位置以及它们如何与其邻居相互作用
纽曼说:“EcoTyper的独特之处在于，它能够以高清晰度和大规模的成本效益方式解码组织的细胞结构。”
“这包括能够分析活检或临床试验后储存的组织样本种类，否则以这种方式进行分析既困难又昂贵
" 纽曼说，EcoTyper的另一个优势是，研究人员可以利用大量储存的组织和公共数据库来运行虚拟临床试验，他们已经以一种非常经济高效的方式分析了数千例癌症病例
一篇描述这种工具的论文于9月19日发表
30发表在《细胞》杂志上
纽曼和生物医学数据科学助理教授安德鲁·温德斯博士
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这篇文章展示了EcoTyper的能力，分析了不同类型实体肿瘤的组织结构
主要作者是博士后学者波格丹一世·卢卡博士
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，和Chloé Steen博士
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一篇配套文章，发表于2009年9月
30发表在《癌细胞》杂志上，描述了如何使用EcoTyper来识别淋巴瘤细胞的亚型
纽曼和阿什·阿里扎德博士
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肿瘤学教授是那篇论文的资深作者
主要作者是奇洛·斯廷博士
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波格丹一世·卢卡博士
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癌细胞及其邻居的生态分型 虽然肺癌在显微镜下看起来可能与膀胱癌或其他类型的癌性肿瘤非常不同，但EcoTyper使研究人员能够发现10种不同的多细胞群落，被称为“ecotypes”，它们存在于十几种不同的肿瘤类型中
研究人员说，他们还发现，肿瘤中某些生态类型的存在或不存在对结果有很高的预测性，通常表明哪种治疗方式效果最好，甚至对不同类型的癌症也是如此
卢卡说:“我们发现了一种生态型，它预示着对特定免疫疗法的良好反应。”
“事实上，它甚至是比我们测试的其他候选生物标志物更好的预测因子，甚至是那些被特别发现可以预测反应的生物标志物
“此外，通过EcoTyper，研究人员能够预测肺部的恶性前病变——可能癌变的异常生长——是否会自发退化或发展为肺癌
“EcoTyper可以为未来的治疗提供一个平台，因为你对你想要攻击的肿瘤中的坏细胞有了更好的了解，”温柔说
这种对肿瘤中相互作用细胞群的关注不同于当前的方法，当前的方法通常针对“驱动突变”或沿着特定途径的基因
他补充说:“许多癌症治疗都集中在一种特定的细胞类型或基因上，但总有其他细胞导致癌症或细胞没有这种基因突变。”
谈到最常见的血癌 研究人员的论文发表在《癌细胞》杂志上，他们试图辨别某种淋巴瘤是否有两种不同的亚型，这在该领域已被普遍接受
利用EcoTyper，他们分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞内部和周围的微环境
通过观察癌细胞和非癌细胞是如何排列和相互作用的，他们不仅能够区分这种淋巴瘤的两种亚型，而且能够区分九种不同的亚型
因为研究人员正在研究以前淋巴瘤病例的组织样本，他们也有患者情况的记录
Steen说:“我们发现，这种B细胞淋巴瘤的亚型不仅比以前认识到的多得多，而且我们还能够表明，知道哪种亚型的人让我们更有能力预测癌症可能如何发展。”
研究人员从一项似乎失败的淋巴瘤药物临床试验中发现了阳性结果
实际上，研究人员重新进行了临床试验，这次使用了EcoTyper，并纳入了他们对这种B细胞淋巴瘤还有多少种类型的新认识
“我们看到的是，事实上有一种特定的淋巴瘤亚型对这种疗法有反应，”Alizadeh说
“但是在最初的试验中，他们不能识别这些其他亚型，所以这种有希望的疗效迹象在所有其他淋巴瘤亚型的阴性结果中消失了
" “能够找到合适的药物，并根据特定的癌症亚型制定有效的癌症治疗方案，是精准健康和个性化医疗的缩影，”Alizadeh补充道
“EcoTyper帮助我们做到了这一点
"
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