格罗宁根大学 基因用箭头表示
由卡波纳托小组开发的新分析方法允许确定哪些区域是动态的，因此能够在可选的互斥构象之间切换
这些包括两个重要的病毒调节区(用紫色标记)
希望阻断这些区域在不同结构间相互转化的能力将为对抗感染提供有效的治疗策略
核糖核酸用不同的颜色标记，以便于比较不同的结构
:D信贷银行
格罗宁根大学 荷兰格罗宁根大学的科学家与意大利都灵大学的同事合作，开发了一种可视化和量化核糖核酸分子替代结构的方法
这些可供选择的核糖核酸“形状”在病毒和细菌中具有重要的功能相关性
研究人员使用一种算法来快速分析大量化学修饰的核糖核酸分子，并计算出存在多少不同的折叠构象
这项技术被用来鉴定非典病毒核糖核酸中的一个保守结构开关
这项分析的结果发表在2月22日的《自然方法》杂志上
核糖核酸分子在其核碱基序列中携带生产蛋白质所需的信息
然而，分子的二维和三维结构也很重要
分子有不同的折叠方式，其中一些替代构象会影响核糖核酸的功能
核糖开关是一个明显的例子:这些是在某些细菌核糖核酸分子中发现的调节片段，其折叠取决于外部环境，允许或阻止相关基因翻译成蛋白质
突变 病毒核糖核酸也会折叠，不同构象之间的转换对病毒的生命周期很重要
“每当你在核糖核酸中看到一个动态结构，这就暗示了一个调节系统，”格罗宁根大学的分子遗传学家丹尼·卡波纳托说
“因此，我们设计了一种方法，在实验数据中发现一个核糖核酸是否能形成不同的构象
" 医生
荷兰格罗宁根大学的分子遗传学家丹尼·卡桑托
与意大利都灵大学的同事合作，他的团队开发了一种可视化和量化核糖核酸分子替代结构的方法
然后这被应用于非典冠状病毒的核糖核酸基因组
学分:格罗宁根大学 单链RNA分子通过碱基配对折叠
这种配对保护碱基免受化学修饰的突变
因此，突变技术可以指出哪些碱基是不成对的
逆转录酶用于将修饰的核糖核酸转化为脱氧核糖核酸，然后对脱氧核糖核酸进行测序，以检测修饰的核碱基，这些碱基将被“读取”为突变
“这个过程不是很有效，因此，并不是所有不成对的碱基都会发生突变，”卡塔纳托评论道
这意味着分析突变和推断它们所代表的构象是复杂的
此外，同一个网站可以以多种方式折叠
“然而，理论上可能折叠的数量比我们在现实中看到的要多得多，”卡塔诺说
诀窍是找到他们
视觉检测 已经提出了几种技术来计算核糖核酸分子中存在哪些折叠以及相对丰度是多少
“我们的想法是观察哪些突变在特定区域同时发生，哪些不发生
这种模式指向另外的构象
“第一个提出的技术部分依赖于对实验数据的视觉检查
一个更近的系统是全自动的，但是卡塔纳托和他的同事认为它还有改进的空间
化身:“我们创造了一种算法，可以快速分析大量反向转录的核糖核酸分子
“与以前提出的系统相比，他们的系统需要较少的信息来识别替代构象，并且不太容易高估构象的数量
“我们的算法更加健壮，速度也非常快
" 结构名 在核糖核酸分子中寻找可能具有不同构象的区域，并因此成为潜在的开关，是很重要的
化身:“它帮助我们理解“核糖核酸结构”及其对病毒和细胞的影响
“在病毒中，开关将成为抗病毒药物的目标
核糖开关也有可能存在于真核细胞，甚至哺乳动物细胞中
“某些至今被忽视的突变，因为它们不会改变编码蛋白质的序列，反而会改变核糖核酸分子的结构
因此，它们在癌症中起着重要作用
" 在《自然方法》的论文中，在SARS-CoV-2基因组中发现了22个形成不同构象的区域
“一个很酷的事情是，在其他小组的两份预印本中，其中一些区域是用不同的技术确认的
卡波纳托和他的同事们发现其中一个潜在的转变非常有趣:“这种转变中涉及的两种构象在冠状病毒中非常普遍，这意味着它们很重要。”
这使得它们成为靶向核糖核酸的抗病毒药物的完美目标
"
来源：由phyica.com整理转载自PH，转载请保留出处和链接！
