作者:约翰·休伊特
（同organic）有机 质谱蛋白质组学中的火山图
信用:维基百科 生物学，或者至少在线粒体生物学中，最激烈争论的问题之一是确定哪些蛋白质可以进入线粒体
拥有这种途径实质上意味着一种蛋白质在几个不同的线粒体区室中的一个或多个中保持一个住所
这些地方包括基质、内膜、膜间空间、外膜以及它们最模糊的列表——与外膜的联系
通常情况下，这个位置会引起最大的争议
目前行业标准的线粒体库存是线粒体，由哈佛大学和麻省理工学院的布罗德研究所维护
它目前列出了分布在14种组织类型中的1136种线粒体蛋白质
这些年来，随着新成员的相继加入，其队伍不断壮大
然而，随着米托卡塔3的最新发布
0，100个有问题的蛋白质编码基因被剔除，而只增加了78个新基因
另一个主要的升级是增加了亚线粒体定位的注释，并将基因分配给一个新出现的概念，称为基因本体，这里包括149个代谢途径
大多数本体和子本体(如脂肪酸合成、复合物ⅳ、线粒体核糖核酸代谢或铁硫簇合成)都有相当明确的定义，而且无可争议
但是许多仍然不可避免地是多余的，双功能蛋白质必须分配给多个本体
一个这样的本体论，异想天开地命名为“线粒体中心法则”，仍然是模糊的，因为它包括了从mt-rRNA修饰和核糖体组装到翻译因子的一切
在这里保持严谨不是一件小事，因为世界上无数的实验室都依靠这个数据库来解码生命本身，并通过暗示来消除世界上的疾病
但我们不是来挑剔的
让我们来看《有丝分裂3》
0进行试驾，了解一些真实的例子
最近在《细胞干细胞》杂志上发表了一篇论文，充分利用了有丝分裂的力量
从MitoCarta部署列表(2
研究人员使用了一种叫做质谱蛋白质组学的技术来识别神经元和星形胶质细胞之间的差异
通常，蛋白质组学结果以火山图的形式呈现(见上图示例)
火山喷流越厚，蛋白质水平增加和/或减少的越多
最后，研究人员发现了大约150种线粒体蛋白质，它们在两种细胞类型中都有独特的富集
然后，他们能够用CRISPR将最重要的神经元特异性蛋白(例如，超氧化物歧化酶-1)改造成星形胶质细胞，并奇迹般地将这些星形胶质细胞重新编程为神经元
有丝分裂卡的局限性之一，就此而言，几乎所有其他的“Ohmics”数据库在声明神经系统中的细胞类型或位置时都缺乏精确性
这是因为几乎每一种递质的神经元都可以在大脑中几乎每一个大的、独特的结构中找到
虽然一些数据库确实包括抑制性中间神经元或兴奋性皮质神经元的松散分类，但有丝分裂像使用者仍必须适当考虑相当广泛的大脑/小脑/脑干/脊髓分类
在这种空虚中，真正需要的是有人制作一个专用的神经卡1
0来填充整个神经系统缺失的细胞类型数据
此外，由于现在是旺季，一个可搜索的数据库来检查特定蛋白质的存在，而不是手动扫描所有的蛋白质，将是一个很好的礼物
上面提到的蛋白质组学论文是朝着这个大方向迈出的第一步
上周四，我们发表了一篇关于线粒体NAD代谢的综述，重点是CD38分子
CD38已经成为控制星形胶质细胞之间线粒体转移的主要分子，研究表明它定位于线粒体
对另一种在神经元中具有类似功能的叫做SARM1的分子也有同样的说法
当我检查线粒体时，我无法定位这些蛋白质，并假设它们不符合严格的纳入标准
我与布罗德研究所的瓦姆西·穆塔和萨拉·卡尔沃进行了交谈，他们确认这些分子不包括在内，但他们向我保证，相关论文将在下一轮人工治疗中得到更详细的审查
如果让我打赌，我可能会猜测，文献中可能有1500到2000个不同程度的线粒体定位证据
包含这些种类的分子实际上可以归结为手动检查和使用其他方法复制数据
穆塔和卡尔沃指出，14种组织类型可能需要扩大，以避免遗漏某些具有高度特异性表达的蛋白质
例如，编码产生免疫代谢物衣康酸的线粒体乌头酸脱羧酶的IRG1几乎只在适当活化的巨噬细胞中表达
我想在这里就同行评审的现状做一个简短的说明，同行评审是当前努力的一个组成部分
我联系了蛋白质组学论文的作者玛格达莱娜·戈茨和斯蒂芬妮·豪克，因为我根本搞不清他们补充的表1的来龙去脉，表1声称包含星形胶质细胞和神经元的实际蛋白质水平值
在我看来，他们似乎无处不在，没有明显的区别
当他们最终回复我的电子邮件并告诉我，再次查看时，他们发现该表由于在准备英语/德语Excel数据期间的转换不兼容而损坏，该数据是通过在必要时使用编程语言R计算获得的
csv文件
好吧，很公平，但是实际的审稿人是怎么在审稿的时候没有抓住这个的呢？ 通常情况下，我不会对每个人都会犯的这种容易解释的错误有任何顾虑，而且为了记录在案，我相信上面的错误已经得到了充分的解释
但奇怪的是，就在前一天，我在《生物物理学季刊》上读到了一篇广受欢迎的论文，该论文声称终于破解了密码，可以说是为了理解线粒体氨基酸密码子表的难以捉摸的起源——生命本身的密码，或者至少是驱动真核生物发生的主要细胞器的密码
这是困扰研究人员数十年的标志性进化难题
同样，我也不太能理解一个用来说明论文要点的数字
问题在图2中，它显示了所有可能的单步转换和颠换的超立方体表示，用于整个密码子表的相互转换
具体来说，我曾问在较大的超立方体左上角的立方体的右上角是否有一个错别字，实际上应该是“AAA”而不是“GCA”
“与上述情况类似，我在要求澄清时没有立即得到答复
幸运的是——再次感谢作者——在足够的刺激下，研究员肯尼斯·布雷斯劳最终做出了回应
他说谢谢，并且已经准备了一份勘误表来修正这个疏忽
他还保证，当实际分析完成时，使用了正确的密码子
看起来这个错误现在仍然存在于出版物中，并且有望很快得到修正
但是，专业评论者怎么可能没有提出一个可悲的不熟练的博客作者提出的基本的、坦率的、基本的问题呢？令我们非常遗憾的是，答案肯定是，目前存在的同行审查并不是我们所认为的那样
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