细胞分裂过程中的癌细胞
学分:国立卫生研究院 一种看待癌症治疗耐药性的新方法提供了识别相关遗传机制和替代治疗方法的可能性
由贝勒医学院的研究人员领导并发表在《细胞报告》杂志上的一项研究可以帮助科学家合理预测晚期癌症可能发生的基因组变化，这取决于接受的治疗、这些变化如何影响癌症进展以及预防或最大限度减少治疗结果的可能性
相应的作者Dr
贝勒大学丹·邓肯综合癌症中心医学教授兼癌症生物信息学联合主任查德·克莱顿
“通常，我们不知道是什么让肿瘤产生了耐药性
我们的方法是回答这个问题的一种方式，因为它提供了一种策略来识别可能涉及的基因，并可能提出替代的治疗方法
" 通常，当研究基因变化来解释癌症时，研究人员会寻找基因本身的突变
在这项研究中，克赖顿和他的同事分析了基因组结构变异，这是指基因组中改变基因表达调节的变化
当基因组一部分中的一段DNA转移到基因组的另一部分时，就会发生基因组结构变异，这会破坏DNA中编码的原始遗传指令
破坏DNA编码的指令可以改变邻近基因的表达，从而导致疾病
例如，某些被称为癌基因的促进癌症生长的基因通常会被关闭
但是，如果基因指令被重新排列，使得“on开关”现在位于基因旁边，那么癌基因就会被打开并促进癌症的生长
在之前的一项研究中，克赖顿和他的同事研究了原发性肿瘤的基因组结构变异
目前的研究着眼于来自不列颠哥伦比亚癌症个性化肿瘤组学(POG)项目的570个复发或转移肿瘤，被称为POG570队列
该研究分析了不同类型的癌症，包括膀胱/肾脏、乳房、子宫颈/卵巢、中枢神经系统、结肠直肠、头/颈部、肝胆、肺、淋巴瘤、胰腺、前列腺、肉瘤、分泌、皮肤、胃/食管、子宫和其他
这些肿瘤已经用全基因组测序法进行了分析，以观察DNA序列，用RNA测序法来测量基因表达，并代表了患者治疗后收集的大部分样本
克雷顿说:“用POG570数据进行的初步研究主要集中在点突变和小突变上。”
“在目前的研究中，我们与Dr
加拿大BC癌症迈克尔·史密斯基因组科学中心的马尔科·马拉团队开发了POG570数据集，研究晚期癌症中基因组结构变异对基因调控的影响
" POG570数据不仅包括晚期癌症的基因组数据，还包括许多患者接受治疗的信息
Creighton说:“这是一个非常好的机会，可以了解晚期癌症中哪些基因由于结构变异而改变了表达，以及哪些基因改变可能与治疗有关。”
综合所有分析的癌症类型，研究小组确定了300多个表达改变的顶级基因
“并非所有这些基因在疾病中都有同样的相关性，”克雷顿解释道
“这个想法是，筛选这些数据有助于优先考虑那些似乎对癌症有更高影响的基因，而那些更相关的基因可能成为晚期/转移性癌症的治疗目标。”
" 研究小组还观察了这些癌症在治疗方面基因组结构变异的总体程度
他们想更好地理解治疗抵抗；肿瘤对治疗的反应如何帮助癌症存活
例如，研究人员发现，接受以DNA损伤或细胞分裂为目标的治疗的患者，基因组重排的数量平均较高，这与代谢相关基因的表达改变有关
“我们的发现有助于从可能涉及的基因方面确定癌症对治疗的潜在抵抗机制
这些基因可以代表晚期癌症中潜在的新治疗靶点，”克雷顿说
“此外，这些发现可以为以前没有考虑过的现有疗法的组合提供建议
" “癌细胞在基因组中积累错误
就像一本书的缺页或乱页改变了故事的基础一样，基因组序列的重新排列会影响基因组的阅读方式
劳拉·威廉姆森，加拿大迈克尔·史密斯基因组科学中心临床信息学小组组长
“迄今为止，大多数肿瘤谱研究只对一小部分基因组进行了测序，通常是1%或更少
这里我们对整个基因组进行了测序
这篇论文最让我兴奋的是，它证明了全基因组测序为探索基因组的非编码部分如何导致癌症，特别是治疗耐药性提供了机会
" 其他贡献者包括张依群、陈凤菊、艾琳·普莱森特、劳拉·威廉姆森、卡梅隆·J
格里斯代尔、艾玛·蒂塔莫斯、郑植·拉斯金、史蒂文·J
M
伊西德罗·科尔特斯-西里亚诺·琼斯
作者隶属于以下一个或多个机构:贝勒医学院、加拿大不列颠哥伦比亚癌症中心迈克尔·史密斯基因组科学中心、不列颠哥伦比亚大学、西蒙·弗雷泽大学和欧洲生物信息学研究所
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