加文医学研究所 澳大利亚冠状病毒病例子集的系统发育“家族”树，展示了不同病毒株之间的关系
在新南威尔士州和维多利亚州分离的“第二波”菌株用青色标出
学分:A/冰雪睿·布尔教授 多亏了尖端的“纳米孔”基因组测序技术，加万医学研究所和UNSW悉尼科尔比研究所的研究人员开发出了澳大利亚迄今为止最快速的冠状病毒基因组测序策略
这一技术进步有可能为传染性非典型肺炎-冠状病毒-2感染病例之间的联系提供关键、及时的线索
研究人员今天在《自然通讯》上发表了一份关于SARS-CoV-2纳米孔测序的分析验证和最佳实践指南，他们希望这将使快速测序技术在澳大利亚和海外的健康计划中得到更广泛的应用
“每当SARS-CoV-2病毒在人与人之间传播时，它可能会犯复制错误，从而改变它的3万个遗传密码中的几个
通过识别这种基因变异，我们可以确定不同的冠状病毒病例是如何联系在一起的——以了解一个病例可能是从哪里获得的，以及他们可能给了谁，”来自UNSW科尔比研究所的第一作者之一冰雪睿·布尔教授说
布尔教授表示，在仅通过调查已知的流行病学接触来源仍不清楚的情况下，基因组测试对于追踪病毒传播至关重要
“通过重建病毒的进化史或‘家谱’，我们可以了解有助于传播新冠肺炎的行为，并识别所谓的‘超级传播者’。”她说
“当一个新的‘神秘’冠状病毒病例被确认时，每一分钟都很重要
在加文，我们已经重新调整了基因组测序的能力，以便能够在几个小时内快速分析冠状病毒基因组
艾拉·德弗森，加文金霍恩临床基因组学中心基因组技术组组长
“我们很高兴与加文和科比研究所合作，开发出无与伦比的冠状病毒基因组测试速度
来自UNSW悉尼和新南威尔士州健康病理学兰威克的比尔·罗林森教授说:“像这样的快速方法提供了一个前进的方向，作为通过实时基因组传播研究进行接触追踪的潜在未来选择。”
新南威尔士州阿尔弗雷德王子皇家医院卫生病理学教授塞巴斯蒂安·范·哈尔说:“这项技术进步证明了公共病理学与研究机构为共同目标合作是可能的。”
开创快速基因组学 迅速查明非典病毒传播至关重要
新南威尔士州卫生病理学与加文研究所和科尔比研究所合作开发了更快的SARS-CoV-2基因组测序能力，有可能增强接触示踪剂采取快速行动隔离和监测潜在接触者的能力
加文的研究人员已经微调了尖端牛津纳米孔技术的协议，以便在不到四个小时的时间内对非典病毒进行测序
加文的金霍恩临床基因组学中心是澳大利亚第一个建立并应用纳米孔技术对SARS-CoV-2进行基因组监测的机构
高精度新兴技术 目前的金标准方法一次只能读取100-150个基因字母的短基因序列，而纳米孔技术对可以测序的DNA片段长度没有上限，能够更快地确定病毒基因组的完整序列
“然而，正如许多新兴技术一样，人们一直对纳米孔测序的准确性感到担忧
我们在论文中解决了这些问题，报告了对冠状病毒基因组测序方案的严格分析评估结果
德弗森
研究人员的分析显示，纳米孔测序方法非常准确(在157份SARS-CoV-2阳性患者标本中，检测到的变异体灵敏度大于99%，精确度大于99%)，并提供了最佳实践指南，研究人员希望这将促进全球其他团队对该技术的吸收
研究人员说，纳米孔测序甚至有可能通过实现护理点测序和改善危重病例的周转时间来加强非典病毒的监测
“纳米孔设备更便宜、更快、更便携，并且不需要当前标准病原体基因组学工具所需的实验室基础设施，”Dr
德弗森
“我们希望我们对该协议的验证将有助于世界各地的其他公共卫生团队采用这项技术
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